5 декабря 2003 года в 7.42 по московскому времени во втором вагоне пригородного электропоезда № 6309, следовавшего по маршруту Кисловодск-Минеральные Воды, произошел взрыв. Электричка в этот момент находилась в черте города Ессентуки Ставропольского края в 400 метрах от центрального вокзала.
Взрыв был настолько мощным, что второй вагон поезда разорвало на две части и перевернуло на бок. Под разрушенными конструкциями оказались десятки людей.
34 человека погибли на месте взрыва, позднее количество жертв возросло до 47 человек, в том числе 8 детей. Ранения различной степени тяжести получили более 180 человек. В основном это были тяжелые минно-взрывные травмы с большим количеством сочетанных травм.
Среди пострадавших пассажиров преобладали студенты, которые ехали утром на учебу.
По факту взрыва прокуратура возбудила уголовное дело по статье 205 (теракт) и 105 часть 2 УК РФ (убийство двух и более лиц). В Ставропольском крае был введен в действие план "Ураган-4" по поиску и задержанию террористов. Для расследования теракта был создан специальный оперативный штаб из представителей прокуратуры, МВД, ФСБ. Дело взял под личный контроль генпрокурор РФ Владимир Устинов. Кроме того, по распоряжению полномочного представителя президента в Южном федеральном округе Виктора Казанцева была создана оперативная группа, в которую вошли заместитель генерального прокурора РФ Сергей Фридинский, заместитель главы МВД Михаил Паньков и начальник Северокавказского филиала ОАО "Российские железные дороги" Владимир Воробьев.
По версии следствия, теракт в электропоезде в Ессентуках совершила группа из четырех человек — три женщины и один мужчина. Две женщины находились в вагоне и выпрыгнули из него перед взрывом. Одна женщина руководила и наблюдала и вряд ли осталась жива. Мужчина погиб. По предположению следствия, он был смертником, поскольку на ногах у него были обнаружены гранаты.
В группу могли входить и другие люди — неподалеку от железнодорожной насыпи находились автомобили, из которых велось наблюдение за электричкой.
Для усиления поражающего действия боевики положили взрывное устройство в хозяйственную сумку, наполненную мелкими металлическими предметами: болтами, гайками, кусками проволоки. Мощность взрыва составила около 10 килограммов в тротиловом эквиваленте.
8 декабря 2003 года в Ставропольском крае были отменены все развлекательные мероприятия и программы из телеэфиров. Власти региона объявили траур по жертвам теракта. В память о жертвах теракта был заложен Скорбященский храм на территории Ессентукской городской больницы.
Президент России Владимир Путин назвал теракт попыткой дестабилизировать ситуацию в стране накануне парламентских выборов. В Кремль были вызваны директор ФСБ Патрушев и Генпрокурор Устинов.
«Совершенное преступление, безусловно, является попыткой дестабилизировать ситуацию в стране накануне парламентских выборов. Уверен, ничего у преступников не выйдет. Этого им не позволят сделать, прежде всего, сами граждане России. Совершенное преступление говорит также о том, что международный терроризм, который бросил вызов очень многим странам мира сегодня, продолжает оставаться серьезной угрозой и для нашей страны. Это жестокий, коварный и опасный враг. От его преступлений, прежде всего, страдают ни в чем не повинные люди. Правительство и региональные власти сделают все, чтобы помочь пострадавшим. Специальные службы, органы прокуратуры должны предпринять все необходимые усилия для того, чтобы раскрыть это преступление», – сказал Путин.
Декабрьская трагедия 2003 года – был не первый теракт с электричкой «Кисловодск - Минеральные Воды». Всего двумя месяцами ранее, третьего сентября 2003 года, на перегоне «Подкумок – Белый Уголь» террорист заминировал железнодорожные пути, заложив бомбу под рельсы. Взрыв унёс жизни семи человек, пострадали ещё 80. Организатора Ибрагима Исрапилова нашли и задержали. Он написал чистосердечное признание в совершении теракта. Суд приговорил чеченского боевика к 20 годам колонии строго режима.
Ежегодно в Кисловодске вспоминают жертв теракта взрыв на железной дороге в 2003 году.